Die dritte Staffel enthüllt eine Entstehungsgeschichte, die Jahrhunderte zuvor spielt, und setzt gleichzeitig die Saga einer dystopischen Gesellschaft fort, in der 10.000 Menschen unter mysteriösen Umständen unterirdisch leben. In der Gegenwart überlebt Juliette Nichols ihre erzwungene „Reinigung“, kehrt jedoch mit Gedächtnisverlust zurück, während sich das Silo von einem Aufstand erholt und einer gefährlichen neuen Bedrohung gegenübersteht. Unterdessen decken die Journalistin Helen Drew und der Kongressabgeordnete Daniel Keene in der „Zeit davor“ eine Verschwörung auf, die sie in eine Kette von Ereignissen mit katastrophalen, unumkehrbaren Folgen hineinzieht.