Als die feindliche Organisation Amalgam ins Rampenlicht rückt und die Spannungen weltweit steigen, gerät die geheime Mission von Sousuke Sagara zur Beschützung von Kaname Chidori ernsthaft in Gefahr. Während Kaname mit der ständigen Bedrohung umgehen muss, kämpft Sousuke nicht nur gegen hochmoderne gegnerische Mechas, sondern sieht sich auch mit schweren inneren Konflikten und der Infragestellung seiner Rolle als Soldat konfrontiert.