La cyborg Motoko Kusanagi, major de police, et ses coéquipiers de la Section 9 traquent de nombreux criminels dans le monde réel comme dans le monde virtuel. Dans le cadre de leurs fonctions, Kusanagi et la Section 9 doivent tout gérer, de la résolution de crises de prise d'otages à la traque de machines à tuer de dernière génération devenues hors de contrôle.