Jeremie, korzystając z danych z sektora piątego, próbuje odszyfrować pamiętnik Franza Hoppera, ale do przetworzenia informacji potrzebuje dodatkowej mocy superkomputera. Postanawia wykorzystać do tego wieżę w Lyoko. W tym czasie Odd otrzymuje tajemniczą wiadomość od dziewczyny i znika, a Jeremie wykrywa aktywowaną wieżę. Ulrich, Yumi i Aelita udają się do Lyoko, a później dołącza do nich Odd, który okazuje się polimorficznym klonem Xany. Prawdziwy Odd zostaje uwięziony w Pustelni, ale Yumi ratuje go przed śmiercią. Grupa walczy z klonami i potworami Xany, a sam Xana przejmuje kontrolę nad wieżą Jeremiego i niszczy postęp odszyfrowywania. Niespodziewanie wieża zmienia kolor na biały i proces zostaje wznowiony, co Jeremie uznaje za pomoc Franza Hoppera. Po odszyfrowaniu pamiętnika grupa dowiaduje się, że Hopper stworzył Lyoko i Xanę, a przed uwięzieniem miał córkę, którą przeniósł do Lyoko — wszystko wskazuje na to, że była nią Aelita.