Jeremie odkrywa w pamiętniku Hoppera, że Aelita i jej ojciec posiadają klucze do Lyoko, które dają pełną kontrolę nad tym światem. Dochodzi do wniosku, że właśnie tych kluczy Xana potrzebuje, by wydostać się z superkomputera. Ostatnia część wspomnień Aelity znajduje się w sektorze piątym i jej odzyskanie pozwoli dziewczynie uwolnić się od Xany oraz wyłączyć superkomputer. Aelita, zrozpaczona odkryciem prawdy o ojcu, próbuje sama zakończyć zagrożenie i wyłączyć system, ale Jeremie ratuje ją, ponownie uruchamiając superkomputer. Podczas misji w Kartaginie scyfozoa odbiera Aelicie wspomnienia, dzięki czemu Xana przejmuje kontrolę nad Lyoko. W ostatniej chwili dziewczyna odzyskuje brakującą część pamięci, a kontrolę nad Lyoko odzyskuje Franz Hopper. Aelita zostaje uwolniona od wpływu Xany, ale ten również zyskuje niezależność od superkomputera. Grupa postanawia wspólnie walczyć z Xaną i odnaleźć ojca Aelity.