William zwraca na siebie uwagę Jima swoim dziwnym zachowaniem, a grupa zaczyna podejrzewać, że klon wymaga poprawy. Jeremie odkrywa możliwość istnienia kolejnej repliki Lyoko i planuje ją zniszczyć. Grupa udaje się do repliki przypominającej sektor pustynny, gdzie Aelita i Ulrich badają laboratorium, a Odd i Yumi chronią Skida. Tymczasem Milly i Tamiya dowiadują się od Williama o Lyoko i Xanie, a klon zabiera je do fabryki. Prawdziwy William, opanowany przez Xanę, próbuje zniszczyć superkomputer, lecz zostaje powstrzymany przez grupę. Klon Williama zostaje zniszczony, a Jeremie ratuje superkomputer. William wraca do Lyoko, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.