Fate/Prototype là phiên bản được mô phỏng lại từ phiên bản gốc Fate/stay night của Kinoko Nasu. Cốt truyện diễn ra tám năm sau bi thảm của Heaven's Feel. Ở đây, Chén Thánh vẫn là đối tượng được mong muốn. Tuy nhiên, bóng tối bên dưới cái gọi là "Chén Thánh" này lộ ra trong khi các nhân vật tiến hành chiến đấu với nhau để giành chiến thắng.