Sau khi cứu Last Order và hứng một viên đạn vào đầu, esper xếp hạng cao nhất của Thành phố Học viện nằm nghỉ trong bệnh viện. Nhưng quá trình hồi phục của Accelerator bị cắt ngắn khi một cô gái bí ẩn mang theo bức ảnh của người bạn nhân bản nhỏ của cậu đến cầu cứu. Giờ đây họ phải đối đầu với Disciplinary Action — một liên minh chống tội ác mà kế hoạch thâm độc của chúng đe dọa Last Order, Thành phố Học viện, và thậm chí cả thế giới!